Durante su paso por la comisión el ex policía aseguró haberse reunido con el expresidente del Gobierno, Mariano Rajoy, en el despacho de María Dolores de Cospedal, con esta presente. También se encontraban en este encuentro, el abogado Javier Iglesias y una mujer "del entorno muy próximo" al expresidente, la cual ha descrito como "bajita", "rubia" y con un nombre muy común.
En esta reunión se le habría dado luz verde para realizar sus labores de espionaje con fondos reservados del Ministerio del Interior. Villarejo, por su parte, ha explicado que solicitó esa reunión para cerciorarse de que era el propio presidente el que había realizado el encargo.
Además de este encuentro, José Manuel Villarejo ha afirmado que Rajoy estaba al tanto de la Operación Kitchen, puesto que era informado a través de mensajes, además de haber mantenido “tres o cuatro encuentros” en palabras del propio Villarejo.
[A Juan Carlos I] se le suministraron "inhibidores de testosterona y hormonas femeninas para rebajarle la libido porque se consideraba un problema de estado que fuera tan ardiente"
Esta información está en consonancia con el informe de la Unidad de Asuntos Internos de la Policía, al que tuvo acceso el medio Voz Populi. En él se sostiene que el expresidente estaba al tanto de la Operación Kitchen y que esta estaba coordinada por el exsecretario de Estado de Seguridad, Francisco Martínez.
En respuesta al portavoz de Ciudadanos en la comisión, Edmundo Bal, el comisario jubilado ha dicho que el juez de la causa, Manuel García Castellón, no ha querido investigar el titular del teléfono al que informaba sobre sus acciones de espionaje. Villarejo ha asegurado que el propietario de la línea era el propio Mariano Rajoy. En relación al procedimiento judicial, ha asegurado que el juez ha cometido “muchísimas” irregularidades.
El comisario también ha tenido titulares para el Rey Emérito, del que ha dicho que se le suministraron "inhibidores de testosterona y hormonas femeninas para rebajarle la libido porque se consideraba un problema de estado que fuera tan ardiente". Dato que coincide con una conversación grabada entre la examante del rey, Corinna Larsen y el propio Villarejo. En la que Corinna aseguró que se le estaba medicando con hormonas femeninas “para quitarle fuerza”.